射频热凝疗法在治疗三叉神经痛时，正确的操作下不会出现神经系统功能的其他缺失，但操作不当可能导致严重的并发症。常见并发症及其防治：
1.面部麻木：射频热凝术后发生面部感觉减退和麻木者较普遍，有的患者有面部异样不适感觉，是触觉神经纤维损伤后的表现，患者多能理解为治疗反应，但须术前向患者交代清楚。长期存在的面部感觉障碍大约为12%。痛性感觉缺失在最近的文献报道中出现率仅为0.2%～5%。
2.角膜反射迟钝或麻痹性角膜溃疡：是三又神经第1支射频热凝术的常见并发症，术后角膜感觉减退，同侧角膜反射迟钝或麻痹性角膜溃疡，多由于进针过深有关，在CT引导下射频热凝毁损术由于定位准确，发生较少。
3.咀嚼运动障碍：咀嚼无力或张口受限，多与射频热凝的温度过高和持续时间过长，严重损伤三叉神经的运动纤维有关。一般当温度控制在80℃以下时，较少发生。
4.视力减退、复视：穿刺方向偏内、偏深误伤视神经引起视力减退、误伤动眼神经或滑车神经引起复视等。
5.其他并发症：可发生口角流涎、术后患区蹿跳感、面部带状疱疹等并发症与热凝时的温度过高，热凝持续时间过长有关。
大约有3%的患者出现术后并发症，但一般都不严重。提高穿刺准确性是规避并发症的主要途径，在影像引导下穿刺则可以确保穿刺的准确性，并通过观察造影剂扩散的范围预先判断针尖的位置和将热凝毁损的范围，这样就可以在减少并发症，保证疗效。目前尚未有CT引导下射频热凝毁损术发生死亡的报告。